در حالی که BPMS می‌تواند بسیاری از مزایا مانند بهبود کارایی، شفافیت و اتوماسیون فرآیندها را به همراه داشته باشد، برخی سازمان‌ها به دلیل مختلف از این سیستم‌ها پرهیز می‌کنند. طبیعتاً اجرای این سیستم‌ها مناسب برای تعدادی از سازمان‌ها خصوصا شرکت‌های صنعتی خاص منظوره، شرکت‌های دارای محاسبات پیچیده و یا سازمان‌های فاقد فرآیند و متمرکز بر فعالیت تا حدودی ناممکن است اما برای اغلب شرکت‌ها و سازمان‌ها سیستم‌های مبتنی بر فرآیند می‌تواند کارایی مناسبی داشته باشد. در ادامه به برخی از مهم‌ترین دلایل اشاره شده است:
۱. هزینه‌های پیاده‌سازی و نگهداری
پیاده‌سازی یک سیستم BPMS نیاز به سرمایه‌گذاری اولیه قابل توجهی دارد. این هزینه‌ها شامل خرید نرم‌افزار، سفارشی‌سازی سیستم، آموزش کارکنان و هزینه‌های مربوط به نگهداری و به‌روزرسانی‌های دوره‌ای است. برای برخی سازمان‌ها، به خصوص کسب‌وکارهای کوچک و متوسط، این هزینه‌ها ممکن است مانعی جدی باشد.
۲. پیچیدگی و تغییر فرهنگ سازمانی
BPMS اغلب نیازمند تغییرات عمیق در فرهنگ سازمانی است. پیاده‌سازی یک سیستم جدید می‌تواند موجب مقاومت کارکنان و مدیران شود، به‌ویژه اگر فرآیندهای فعلی به خوبی جا افتاده باشند و کارکنان به روش‌های کاری سنتی عادت کرده باشند. تغییرات در رویه‌ها و روش‌های کاری به زمان و پذیرش از سوی اعضای سازمان نیاز دارد.
۳. نیاز به مهارت‌های تخصصی
استفاده مؤثر از سیستم‌های BPMS نیازمند تخصص در زمینه‌های تحلیل فرآیند، مدیریت تغییر، و فناوری اطلاعات است. بسیاری از سازمان‌ها ممکن است فاقد کارکنان با این مهارت‌ها باشند و به همین دلیل نتوانند از این سیستم‌ها بهره‌برداری کنند. استخدام یا آموزش این مهارت‌ها نیز می‌تواند زمان‌بر و هزینه‌بر باشد.
۴. پیچیدگی فرآیندهای سازمانی
برخی از سازمان‌ها دارای فرآیندهای کسب‌وکاری بسیار پیچیده و منحصر به فردی هستند که به سختی می‌توان آنها را در قالب یک BPMS استاندارد پیاده‌سازی کرد. سفارشی‌سازی بیش از حد سیستم ممکن است باعث افزایش هزینه‌ها و پیچیدگی‌های اضافی شود.
۵. عدم درک درست از مزایا
برخی از سازمان‌ها ممکن است آگاهی کافی از مزایای BPMS نداشته باشند. این ممکن است به دلیل نبود اطلاعات کافی یا تجربیات منفی در گذشته باشد که آنها را از پیاده‌سازی این سیستم‌ها منصرف کرده است. اگر مزایای بالقوه سیستم به درستی مشخص و تحلیل نشود، سازمان‌ها ممکن است انگیزه کافی برای سرمایه‌گذاری در آن نداشته باشند.
۶. نگرانی از اختلال در عملیات جاری
سازمان‌ها اغلب نگران این هستند که پیاده‌سازی BPMS باعث ایجاد اختلال در عملکرد فعلی آنها شود. در طول مراحل پیاده‌سازی، ممکن است فرآیندهای جاری دچار اختلال یا تأخیر شوند که این مسئله می‌تواند به عملکرد و بهره‌وری سازمان لطمه بزند.
۷. مسائل مربوط به تطابق با مقررات
در برخی از صنایع خاص، استفاده از سیستم‌های BPMS ممکن است نیازمند رعایت مقررات خاصی باشد که به پیچیدگی‌های بیشتری منجر می‌شود. سازمان‌ها ممکن است از پیچیدگی‌های قانونی و مقرراتی هراس داشته باشند و از پیاده‌سازی چنین سیستم‌هایی اجتناب کنند.
۸. فناوری‌های جایگزین
برخی از سازمان‌ها ممکن است ترجیح دهند از ابزارها و فناوری‌های دیگر مانند ERP (سیستم‌های مدیریت منابع سازمانی) یا CRM (مدیریت ارتباط با مشتری) برای مدیریت فرآیندهای کسب‌وکار خود استفاده کنند. این ابزارها در بسیاری از موارد عملکردهای مشابهی ارائه می‌دهند و ممکن است برای سازمان‌ها کافی باشند.
۹. نگرانی از مقیاس‌پذیری و انعطاف‌پذیری
در برخی موارد، سازمان‌ها نگران این هستند که BPMS انعطاف‌پذیری لازم برای پاسخگویی به تغییرات سریع در بازار یا ساختار سازمانی را نداشته باشد. اگر BPMS نتواند به سرعت با نیازهای جدید سازگار شود، ممکن است به جای تسهیل امور، مانعی برای پیشرفت سازمان شود. هنگامی که یک سازمان فرآیندهای خود را در مقیاس بزرگ گسترش می‌دهد، سیستم‌های مبتنی بر فرآیند ممکن است با پیچیدگی بیشتری مواجه شوند. هرچه تعداد فرآیندها، مراحل و تعاملات بین آنها افزایش یابد، مدیریت و نگهداری سیستم پیچیده‌تر می‌شود. این پیچیدگی می‌تواند باعث شود که تغییرات مورد نیاز در یک بخش کوچک از فرآیند به مشکلات غیرمنتظره‌ای در سایر بخش‌ها منجر شود، که به نوبه خود مقیاس‌پذیری سیستم را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
۱۰. تنگناهای عملکردی در هنگام ادغام با سیستم‌های دیگر
در صورتی که سیستم‌های مدیریت فرآیند کسب و کار بخواهند با سایر سیستم‌ها مانند ERP، CRM یا سیستم‌های مدیریت داده‌ها یکپارچه شوند، ممکن است مشکلاتی در مقیاس‌پذیری و انعطاف‌پذیری به وجود آید. ادغام‌های پیچیده می‌توانند به کاهش عملکرد سیستم‌ها و به وجود آمدن تأخیر در پاسخگویی منجر شوند، به‌ویژه زمانی که حجم اطلاعات و تعاملات بین سیستم‌ها افزایش یابد.
