در حالی که BPMS می‌تواند بسیاری از مزایا مانند بهبود کارایی، شفافیت و اتوماسیون فرآیندها را به همراه داشته باشد، برخی سازمان‌ها به دلیل مختلف از این سیستم‌ها پرهیز می‌کنند. اجرای این سیستم‌ها مناسب برای تعدادی از سازمان‌ها تا حدودی ناممکن است اما برای اغلب شرکت‌ها می‌تواند مناسب باشد.